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二十万石以上为上府，知府秩从三品；二十万石以下为中府，知府正四品；十万以下为下府，知府从四品。后来一律定为正四品。全国之府共有159个。每府设知府一人，同知（正五品）、通判无定员（正六品），推官一人（洪武三年始设，正七品）。下属有经历司，设经历一人（正八品）、知事一人（正九品）。照磨所，设照磨一人（从九品），检校一人。司狱司，设司狱一人。《明史·职官志四》说：“知府掌一府之政，宣风化，平狱讼，均赋役，以教养百姓。每三岁，察属吏之贤否，上下其考，以达于省，上吏部”。同知、通判分掌军纪、巡捕、管粮、治农，水利，屯田，牧马等事。推官理刑名，赞计典。经历、照磨，检校，受上下有关文书，磨勘六房宗卷。
明初选任府州县官时都先赐给布疋、银两，称为“养廉”，使其到任时能奉公守法，不致敲榨人民。《明会要·职官十三》引郑晓《今言》载，洪武元年（公元1368年），明太祖诏中书省：“自今除府州县官，赐银十二两，布六疋”。明太祖、明成祖都很重视地方官吏的选授，据《世法录》记载：
洪武七年（公元1374年）谕吏部曰：古称：“任官惟贤才”。凡郡得一贤守，县得一贤今，如颖川之黄、中牟之鲁恭，何忧不治？今北方郡县有民稀事简者，而设官与繁剧同，禄入供给未免疲民，可量减之。
永乐元年（公元14o3年），上谓吏部都察院曰：“为国牧守，莫切于守令。守令贤，则一郡一邑之民有所恃，而不得其所者寡矣，如其不贤，当去之。然吏部选授之时，出于仓猝，未能尽其才。其令巡按监察御史及按察使，凡府州县到任半岁之上者，察其能否廉贪之实，具奏。
明成祖还特谕吏部，府州县官必须相对稳定，不能随意更换、抽调或额外增加杂务，使他们能够专心理民。
◎州
州有二种，即属州和直隶州。属州的待遇与县同等，直隶州的待遇与府同等，但品秩相同。据《大政记》载，洪武十七年（公元1384年）八月，“诏州民户不满三千者皆改为县，凡三十七州。”此外，全国尚有234个州。每州设知州一人（从五品），掌一州之政令，同知（从六品），判官无定员（从七品），视其州事之繁简以供其职。凡面积不到3o平方里的州，又无属县，不设同知、判官。有属县的，不设同知而置判官。州之属吏还有吏目一人（从九品）。
◎县
吴元年定天下县为三等：粮十万石以下为上县，知县从六品；六万石以下为中县，知县正七品；三万石以下为下县，知县从七品。后来全部改为正七品。明代分全国县共1，171个。每县设知县一人，掌一县之政，《明史·职官志四》说：
凡赋役，岁会实征，十年造黄册，以丁产为差。赋有金谷、布帛及诸货物之赋。役有力役、雇役、借倩不时之役，皆视天时休咎，地利丰耗，人力贫富，调剂而均节之。岁歉则请于府，若省蠲减之。凡养老、祀神、贡士、读法，表善良、恤穷乏、稽保甲、严缉捕、听狱讼，皆躬亲厥职而勤慎焉。若山海泽薮之产，足以资国用者，则按籍而致贡。
知县之下有县丞一人（正八品）、主簿一人（正九品）分掌娘马、巡捕之事。其属吏还有典史一人，管文书收。若无县丞，或无主簿，则分领丞簿之职（凡编户不及二十里者，并裁丞簿）。
阴中期以前，州县官多从监生中选任。监生坐监后到吏部听选，前后经二十多年，方得出身，至除授之时，年已五十以上，神志昏倦。又自认为在任不久便将黜退，升任的可能性很少，故受命之后，惟图私利，没有治民之心。从《明臣奏议》所见，当时有不少大臣上疏，建议改从进士、举人中选拔年富力强、资质英俊者任地方官，但皆未能实行。据《梦余录》所载，隆庆五年（公元1571年），穆宗才同意大学士高拱建议，从举人中选任，就选者必稽其年貌。凡五十以上者，授以杂官，不得为州县之长。
府县的杂职尚有医学，阴阳学，僧网司，道纪司。这些都是有官而无禄，是明代创制而为清代相沿不革。
◎儒学
关于地方学校考课之事，自宋代设提举学事司始，元代则设儒学提举司，都是地方高级督学之官职。各府、州、县分设教授、学正、教谕。明初沿之，置儒学提举司。洪武二年（公元1369年），诏天下府州县皆立学。洪武十三年（公元138o年），改各州学正为未入流（以前为从九品）。二十四年（公元1391年），定儒学训导位在杂职以上。三十一年（公元1398年），诏天下学官，凡在本籍任职者，一律改授旁郡州县。
明代儒学，府设教授1人（从九品），训导4人。州设学正1人，训导3人。县设教谕1人，训导2人。教授、学正、教谕，掌教诲所属生员，训导协助其工作。
英宗正统元年（公元1436年）始设提督学校官，又有都司儒学（洪武十七年始置于辽东）、行都司儒学（洪武二十三始置于北平）、卫儒学（洪武十七年始置岷州卫），以教武臣子弟。俱设教授1人，训导2人。河东又设都转运司儒学，其制如府。
至于考选生员入学之事，明初本未设专官，中期以后，才由御史提督两京学校，以按察司副使、佥事为各省提督学道。不仅生员，连府州县教官也归其考核。
◎地方军职
都指挥使司为明代地区军事总机构，长官有都指挥使1人（正二品）、都指挥同知2人（从二品）、都指挥佥事4人（正三品），其属有经历司经历（正六品）、都事（正七品）。断事司断事（正六品）、副断事（正七品）、吏目各1人。司狱司司狱（从九品），仓库、草场、大使、副使各一人。行都指挥使司，设官与都指挥使司同。长官之中有一人统司事，称掌印，简称都司，位次在布、按两司之上。《明史·职官志五》说：“都司掌一方之军政，各率其卫所以隶于五府，而听于兵部。”
卫指挥使司设官与京卫同。外卫皆统于都司及行都司。卫以下为千户所，千户所又辖百户所。千户所有正千户1人（正五品），副千户2人（从五品），镇抚2人（从六品）。其属吏目1人。千户所辖百户所1o个，共有百户1o人（正六品），总旗2o人，小旗1oo人。刑狱则归镇抚掌管。凡卫所皆隶于都司，而都司又分隶于五军都督府。自卫所以下，其官兵多世袭，这是明代特殊制度之一。
都督府的都督名称后来变为空头的官阶，而统兵之官则须别加总兵、副总兵、参将、游击将军、守备、把总等名目。《明史·职官志五》：“总镇一方者为镇守，独镇一路者为分守，各守一城一堡者为守备，与主将同守一城者为协守。又有提督、提调、巡视、备御、领班、备倭等名。凡总兵、副总兵一职均须有公、侯、伯、都督爵衔者充任。其总兵挂印称将军者，云南曰征南将军，大同曰征西将军，湖广曰平蛮将军，两广曰征蛮将军……其在蓟镇、贵州、湖广、四川及儹运淮安者，不得称将军挂印。宣德间，又设山西、陕西二总兵。嘉靖间，分设广东、广西、贵州、湖广二总兵为四，改设福建、保定副总兵为总兵，又添设浙江总兵。万历间，又在临洮、山海增设总兵。至明代末年，总兵官增置繁多，不可胜记。总兵在明代本为无品级之差委，至清代则为正二品的正规武职。
此外，还有军民府、土州、土县，其官员设置，与府、州、县制相同。
◎整顿吏治
洪武元年（公元1368年），明太祖徵召天下之贤才为府州县官，并敕命给予新授的郡县官以厚赐，鼓励其自知廉耻，冀到任之后，无扰害生民。据《昭代典则》载，洪武元年，太祖对新授北方县令说：
新附之邦，生民凋瘵（zh4i，音债），不有以安养之，将复流离失望。尔等宜体朕意，善拊循之，毋加扰害。简役省费，以厚其生；劝孝励忠，以厚其俗。能如联言，不特民有受惠之实，即汝亦获循良之名。
又据《典故纪闻》载，洪武年间吏部选用了一批国子生为六品以下郡县官，太祖诏谕之说：
事君之道，惟尽忠不欺；治民之道，惟至公无蔽。凡一郡一邑之民，必有饥寒不得其所者，有狱讼冤抑者，有贤才不举者，有豪猾蠹民者。汝等到任，能不为私欲所蔽，人言所惑，则方寸自明，而诸蔽可息。一牵于私欲，而惑于人言，则冥然如坐暗室，饥寒者无由获济，冤抑者无由伸理，贤才壅蔽，而豪猾纵横，则为废职矣。古人有言：人始入官，如入暗室，久而乃明，明乃治。汝等切记之，毋为人蔽惑也。
当时，天下之府州县官，凡廉能正直，不畏权势，考课得最者，则越级擢用。据《明政统宗》载，洪武二十四年（公元1391年），新化县丞周舟以廉考课得最，升吏部考功主事。后其县民萧俊等诣阙奏言：“自舟去后，民被扰不安”。为安定县民，太祖只好改诏，再令周舟为新化县丞，并令礼部宴赏遣之。又《昭代典则》载，洪武十九年（公元1386年）四月，宁波知府李仲文遣府吏马仁生到慈溪县巡察，府吏不遵守该县法规，被慈溪县丞秦仲彰械逮至京都，太祖甚嘉之，遂擢秦仲彰为宁波知府，降原知府李仲文为慈溪县丞。又《典故纪闻》载，御史凌汉审狱公正，罪犯很为感激，有个释放犯在路上碰到凌汉，特邀请他饮酒，并赠以厚金。凌汉说：“子罪当尔，非我私子。酒可饮，而金不可受。”坚决拒绝接受厚金。太祖得知其事，即擢凌汉为副都御史。同书又载，有个小吏，因贪赃事，投井自杀。太祖闻之，对群臣说：“彼知利之利，而不知利之害，徒知爱利，而不知爱身，人之愚孰有甚于此？……今其人死不足恤。”
朱元璋目睹元末政治**，官吏贪污的种种弊政，在他建立明王朝以后，就特别注意整顿吏治。《典故纪闻》记载他曾对群臣说：
朕昔在民间时，见州县官吏多不恤民，往往贪财好色，饮酒废事，凡民疾苦，视之漠然，心实怒之。故今严法禁，但遇官吏贪污蠹害吾民者，罪之不恕。卿等当体朕言，若守己廉而奉法公，犹人行坦途，从容自适；苟贪贿罹法，犹行荆棘中，寸步不可移，纵得出，体无完肤矣，可不戒哉！
朱元璋对官吏的考课非常严格，除了采取赏罚措施外，还辅之以严刑峻法。他执法很严，还在农民战争时期，因当时粮食困难，朱元璋下令禁止酿酒，大将胡大海的儿子犯酒禁，应按禁令惩治。这时胡大海正在浙江绍兴一带打仗，都事王恺便建议不要杀他儿子，以稳住胡大海。朱元璋说：“宁可使大海叛我，不可使我法不行”1，竟亲自抽刀把胡大海的儿子杀死。明王朝建立后，中书省都事李彬犯法，丞相李善长为其求情，朱元璋不仅不允，反而采纳了刘基的建议，处李彬以死刑2。
朱元璋对贪官污吏的惩治和用法之严酷是历史上所罕见的。据《草木子》及《明朝小史》的记载，他规定：地方官贪污钱财六十两以上的，就斩示众，还要剥皮实草。朱元璋在府、州、县、卫衙门的左边，特别建立一座庙，作为剥人皮的场所，称为“皮场庙”；在官府公座两边，各悬挂一个填满草的人皮袋，使官吏触目惊心，知所警惕。
明代统治者对官吏的严格整治，在一定程度上限制了官吏的贪残殉私，横征暴敛，对人民是有利的。但明代君主对待官吏的残暴，也是绝无仅有的。在古代，低级官吏虽然也有被责杖的，但毕竟为数极少。而明代统治者在处罚官吏时却使用了一种残酷的“廷仗”。廷仗本无法律规定，只要官员违忤旨意，惹得皇帝不高兴，便立即拖下鞭打杖责，不少官员被活活打死在鞭杖之下。连朱元璋的亲侄儿，曾在南昌保卫战中为他坚守孤城，苦战八十五天的朱文正，也以“亲近儒生，胸怀怨望”的罪名被鞭死。廷仗行刑的地点在午门前的御路东侧。行刑时，众官员陪到午门外西墀下，左边是太监，右边是锦衣卫官校，下列旗校数十人，都是臂带袖套，手执木棍。监杖的司礼太监宣读完命令后，旗校就用麻布兜将犯人的肩脊以下部分束起来。用绳子捆住两脚，四面牵曳，犯人俯卧，让大腿受杖。这时，左右厉声高喝“搁棍”，就有一个执棍搁在犯人的大腿上；喝声“打”，就开始用刑。每打五棍，就换一个人打。如果要置犯人于死地，监杖人就喝令“着实打”，或“用心打”，于是，受杖人就无生还。据说锦衣旗校行刑时，只要看监杖的司礼太监的两只靴尖，便知犯人是活是死。如果两只靴尖向外成八字形，那么他们就不会将人打死。如果靴尖向内一收，就把犯人打死。正德（公元15o6—1521年）以前，凡受杖的不必剥去衣裤。正德初年宦官刘瑾专权时，把犯人的衣裤剥去受刑，此后被杖死者就更多了。正德十四年（公元1519年），群臣劝谏武宗皇帝不要到江南游玩，惹得武宗大雷霆，把劝阻的大臣146人统统施以廷仗，当场打死了11人。嘉靖三年（公元1524年），世宗因议论追尊其父的帝号向题，对敢于忤逆旨意的群臣也大动肝火，下令廷仗了134人，当场打死了16人。这两起是明史上最大的廷仗案件。中期以后，法纪松弛，赏罚不明，真正贪酷不法的宫吏，往往反而罚不当其罪。
◎封爵
明代除宗室以外，文武有功之臣及外戚之封爵有公，侯，伯三等，只有岁禄，而无实际之封邑。但后世可以袭封。功臣则给铁券，封号分为四等：（一）佐太祖定天下者，称开国辅运推诚；（二）从成祖起兵，称奉天靖难推诚；（三）奉天翊运推诚；（四）奉天翊卫推诚。武臣称宣力武臣；文臣称守正文臣，岁禄以其功劳大小为差。凡封后而又立功者，或进爵或增禄。受封而有贤才者，充任京营总督，五军都督府掌佥书，南京守备，或是出充镇守总兵官。才德低下者，则食禄奉朝请而已。凡年幼而嗣封者，则先入国子监读书。嘉靖八年（公元1529年），定外戚封爵不得世袭，或有世袭一、二代者，则出于特恩。