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起草的祭天文诰，宣布承续汉祚，受皇帝玺绶，建年号章武，大赦天下。虽然新朝廷一直自称是刘汉王朝的延续，所以刘备不称登基而称继位，但历史上还是把它与刘邦建立的汉朝予以区分，称它为蜀汉。
刘备册命新夫人吴氏为皇后，册命刘禅为皇太子。刘禅此时14岁，为了加强对他的教育，刘备选派了强大的辅导班子，任命董允、费祎、霍弋为太子舍人，任命来敏为太子家令，任命尹默为太子仆。霍弋是霍峻之子，霍峻已经去世，刘备念霍峻当初守葭萌功不可没，命其还葬成都，刘备亲率群僚吊祭，并留宿于墓上。
刘备还命太子刘禅纳张飞的长女为妻，册命为太子妃。刘备纳吴氏后又有了刘永、刘理两个儿子，刘备册封刘永为鲁王，刘理为梁王。
之后着手安排新朝廷的人事，刘备下诏延续汉献帝朝的做法实行丞相制，任命诸葛亮为丞相，任命册文说：“我遇到了家族不幸，在此情况下继承了大业，我兢兢业业，不敢有半点懒惰，一心想的是让百姓过上安定的生活，担心的是做不到这些。啊，丞相诸葛亮要充分理解朕的这份心意，帮助朕弥补缺失，以重新发扬大汉王朝的光辉，使之照亮天下，希望你自勉！”这一年刘备刚好60岁，诸葛亮刚好40岁。
随后任命许靖为司徒，曹操设丞相时已废三公，司徒早已不存在了，但刘备觉得之前已任命许靖为汉中王下的太傅，此时不宜再降为九卿一级，于是改任其为三公之一的司徒。许靖此时70多岁了，基本管不了什么事了，每天只和一帮仰慕他的人高谈阔论。但他的名气很大，尤其在曹魏那边还有一帮老朋友，时不时写信过来问长问短，留他任司徒，用的是他这面招牌。
九卿基本保留了汉中王时期的设置，太常卿赖恭、光禄勋卿黄柱、少府卿王谋，此外只增加了个大鸿胪卿，任命的是何宗。作为益州地方出身的官员，何宗之前担任刘备的从事祭酒，相当于顾问组组长，在此次劝进中又表现积极，受到刘备的肯定，九卿中的其他几个仍然空缺。
与九卿品秩相当的侍中一职，汉中王时有廖立，此次保留，又增加了一个马良。马良此前一直担任左将军掾，是刘备左将军府下面的一个处长，诸葛亮署左将军府事，马良是其主要助手。马良与诸葛亮情投意切，其工作作风踏实，做事勤奋，为人正直，深得刘备和诸葛亮的信任，所以提拔他为侍中。再往下任命宗玮为太中大夫。太中大夫掌议论，类似于谏议大夫，但地位稍低，宗玮其人不详。议郎任命了四位，分别是许慈、孟光、刘豹、向举。刘巴仍然留任尚书令，刘备任命诸葛亮为丞相时有一个附带说明，即“录尚书事、假节”。录尚书事就是兼管尚书台的事务，丞相虽然权力很大，但如果没有这项任命，等于尚书台的事管不了，权力大打折扣。
尚书台也是蜀汉朝廷的核心部门，除刘巴外，此在尚书台供职的各位尚书情况不太清楚，能明确考证的只有杨仪一人。之前说过，出身于荆州“七大家族”的杨仪跟诸葛亮关系密切，但杨仪开始没有随刘备来益州，他先在曹操任命的荆州刺史傅群手下当主簿，后投奔了关羽，被关羽任命为荆州功曹，关羽经常派人到成都向刘备汇报工作，有一次派的是杨仪，刘备跟杨仪谈话中发现他对军国大事、政治得失都很有见地，十分高兴，就把他留在了身边。
但杨仪这个人的性格有问题，才虽高却不合群，容易跟别人闹矛盾，不管是上司还是同僚，动不动就发生冲突，到尚书台供职后跟顶头上司刘巴关系不和，影响安定团结，被刘备改任为弘农郡太守。弘农郡在中原地区，是曹魏的地盘，这个任命相当于给个空头衔在家休息，杨仪被打入冷宫。
尚书台里有个人比刘巴、杨仪的地位都低，但比他们更牛，这个人就是蒋琬，开始担任的职务是尚书郎。如果尚书令是秘书长或秘书局局长，尚书就相当于处长，而尚书郎只是科长。蒋琬是诸葛亮在临烝时期发现的人才，来益州后被任命为广都县长，因为不太勤政，被到下面视察工作的刘备碰上了，免了官，现被起用。杨仪与蒋琬在尚书台共事的这个经历造成了多年后的一段纷争，诸葛亮去世蒋琬成为指定的接班人，资历曾经高于蒋琬的杨仪倍感失落，多出怨言，以至于闹得你死我活。
以上是蜀汉朝廷的文官体系，武将方面也有较大变动。
刘备为左将军时，马超以平西将军的身份居武将之首；汉中称王后，武将之首是前将军关羽。现在关羽不在了，刘备下诏拜马超为骠骑将军，拜张飞为车骑将军，他们都相当于全国武装部队副总司令，但骠骑将军地位高于车骑将军，马超在名义上又回到武将之首的位置。张飞同时兼任司隶校尉，晋爵为西乡侯；马超兼任凉州牧，晋爵为乡侯。
张飞、马超以下，升魏延为镇北将军，之前魏延刚被破格提拔为镇远将军，是杂号将军，相当于军长，现在的身份相当于蜀汉北部军区司令，可以统率包括汉中在内的益州北部地区的蜀军，同时仍然兼任汉中郡太守。
升吴壹为护军讨逆将军，兼任关中都督，吴壹的这个护军统领的是中央禁卫军，他之所以得到刘备的信任是因为他的妹妹嫁给了刘备，目前的身份是皇后。都督是刘备在官职设置上的另一项借用，刘备虽然立国，但仅辖益州，未免局促，除了让张飞、马超等人遥领各州外，还设都督一职，级别上相当于州牧或州刺史。只是关中也在曹魏占领区，目前也只能算挂名。
再往下的高级将领包括辅汉将军李严、翊军将军赵云、安汉将军糜竺、昭德将军简雍、秉忠将军孙乾、安远将军邓方等。
李严担任犍为郡太守，很有治政才能。建安二十三年（218）刘备率主力赴汉中，犍为郡盗贼马秦、高胜等人起兵，召集队伍数万人，占领资中县。李严不待上面发兵，率本郡5000人马前往讨伐，斩杀马秦、高胜。后来，相邻的越巂郡少数民族部落首领高定率军围攻新道县，李严前往解围，高定被击败后逃走。李严的才干深得刘备器重，所以他在刘璋旧部中脱颖而出，此次拜他为辅汉将军，仍兼任犍为郡太守。
糜竺、简雍、孙乾等人是跟随刘备多年的老部下，他们资历很老，但能力并不突出，虽然都名为将军，但只是挂个名，享受待遇，不亲自领兵。新任命的安远将军邓方是南郡人，以荆州从事的身份随刘备入蜀，后被任命为犍为属国都尉、朱提郡太守，他的主要职责是守卫南部大片广阔区域，这里地广人稀，分布着许多少数民族部落，蜀汉的统治相对薄弱。邓方到任后以少御多，指挥果断，夷汉皆服。
唯一让人费解的安排是赵云，他虽然比不了张飞，但资历和业绩应在魏延之上，此次仍然留任翊军将军，让人不解。